关于国立大学的入学金和学费，文部科学省规定了标准金额(参照文部科学省《有关国立大学学费及其他费用的省令》)自2005年以后，日间课程的入学金是282000日元，学费是535800日元；夜间课程的入学金是141000日元，学费是267900日元。此外，规定每所大学可以设置的学费金额不应超过标准金额的120％。

在很长的一段时间里，日本国立大学学费都是按照标准来。直到2018年9月，东京工业大学率先宣布涨价，结束了国立大学学费统一化的局面。之后千叶大学、一桥大学、东京艺术大学、东京医科齿科大学、东京农工大学、政策研究大学院大学也上调了学费。

2024年9月10日，东京大学宣布了2025年4月入学新生的本科生学费上调政策。学费将在现有基础上上调约10万日元，达到政府规定的最高限额642,960日元（约合3.2万RMB）。这也是自2005年来，东大时隔20年首次上调学费。从2029年4月入学开始，大学院修士和专门职学位课程的价格将提高到相同的642,960日元；博士课程暂时保持不变。在修改学费的同时，东大还公布了扩充对学生支援的方案。

国立大学的学费减免一般分为50%减免和100%减免。大部分同学能申请到的多是50%，能申请到100%的数量不多，申请难度较大。当然，除了学费减免外；日本的大学，包括东大，有多种面向留学生的奖学金制度。总体来讲，大致可以分为5种类型，有意向的同学可以根据自己的情况进行申请。

① 日本政府（文部科学省）奖学金

② 日本学生支援机构（JASSO）奖学金

③ 地方自治体提供的奖学金

④ 民间团体提供的奖学金

⑤ 校内奖学金/学费减免制度

整体来讲，国立大学学费远低于与其同等层次的欧美大学及日本私立大学。绝大部分国立大学的留学生能享受学费减免待遇，部分优秀的留学生还可以享受全免及奖学金待遇，性价比还是非常高的。